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항원 특이 면역치료는 알레르기 환자에게 원인이 되는 알레르기항원을 소량부터 단계적으로 증량 투여하여 알레르기 항원에 대한 과민반응을 감소시킴으로써 알레르기 증상을 경감 혹은 소실시키고자 하는 치료방법이다. 면역치료가 알레르기 질환을 호전시키는 기전은 다음과 같다.

면역치료 초기에는 비만세포와 호염기구(basophil)의 탈과립이 감소된다. 그 후 알레르기 항원에 특이한 조절 T 세포가 생성되게 된다. 조절 T 세포는 면역치료 효과를 나타내는 핵심 세포로써 알레르기 반응을 억제하는데 많은 역할을 담당한다. 조절 T 세포에 의해 Th2 세포가 면역관용을 획득하게 된다. 면역관용을 획득한 Th2 세포는 IgE 생성하지 못하고, 내피세포의 활성화, 조직 내로 Th2 세포의 유입, 각종 염증세포(비만세포, 호산구, 호염기구)의 생존에 관여하지 못하게 된다. 또한 면역 관용을 획득한 Th2세포에서 분비되는 IL-10이나 TGF-β는 직간접적으로 B 세포와 다른 작용세포를 조절한다. 그 결과 B 세포에서 초기에는 IgG4의 생성이 증가되고 후기에는 IgE 생성이 감소하게 된다. 이러한 기전에 의해 결과적으로 IgG4의 증가와 IgE의 감소가 유도되어 알레르기 항원 특이 IgE-to-IgG4 비율이 감소되게 된다. Th1, Th9, Th17, Th22와 같은 다른 T 세포들 역시 조절 T 세포에 의해 작용이 억제된다.